Es gibt nicht die eine scharf abgrenzbare Differentialdiagnose. Hingegen gibt es eine Vielzahl von Erkrankungen, die ein klinisches Bild wie bei einem Post-COVID-Syndrom verursachen können.
Daher ist es wichtig, dass eine gute und ausführliche Diagnostik erfolgt, damit man Erkrankungen erkennt, bei denen die Behandlung gänzlich anders erfolgen muss. Ein Post-COVID-Syndrom kann zudem in Kombination mit anderen Erkrankungen auftreten bzw. auch zu Verschlechterungen anderer Erkrankungen führen. Derzeit gibt es keinen Marker, der ein Post-COVID-Syndrom von anderen Erkrankungen abgrenzt bzw. ein solches beweist.