In den allermeisten Fällen liegen die Gründe für die Unterfunktion der Schilddrüse im Organ selbst: Sie kann bei Geburt zum Beispiel komplett fehlen oder zu klein für die Versorgung des Körpers mit den lebenswichtigen Schilddrüsenhormonen sein.
Deutlich häufiger wird die Schilddrüsenunterfunktion jedoch im Lauf des Lebens erworben.
Dies kann durch Verlust oder eine Zerstörung von ursprünglich funktionsfähigem Schilddrüsengewebe geschehen, also zum Beispiel durch: 

• Entzündungen der Schilddrüse (Thyreoiditis), vor allem als Folge einer Autoimmunerkrankung (Typ Hashimoto)
• Schilddrüsenoperationen
• Radiojodtherapie
• Strahlentherapie der Halsregion