Analfisteln sind eiternde Gänge in der Region um die Enddarmöffnung. Ihr Ursprung liegt in den Proktodealdrüsen (»Duftdrüsen«), welche bei Säugetieren weit verbreitet sind, beim Menschen jedoch nur noch vereinzelt im Embryonalstadium angelegt werden. Die Duftdrüsen befinden sich zwischen dem inneren und äußeren Anteil des Schließmuskels und haben einen Ausführungsgang in den inneren After.
Kommt es zu einer Entzündung der Proktodealdrüse führt die Gewebeschwellung zu einer Verstopfung der Ausführungsgänge. Es entwickelt sich hierauf eine Eiteransammlung (»Abszess«), die sich zwischen den verschiedenen Schließmuskelanteilen ausbreiten kann. Diese Eiteransammlung kann sich entweder spontan nach außen entleeren oder durch operative Maßnahmen eröffnet werden, sodass hierdurch die typische Verbindung nach außen entsteht.
Die Proktodealdrüse unterhält eine ständige Sekretion über die Fistelöffnung, die sich deshalb nicht spontan verschließt. Jetzt besteht das Krankheitsbild der Analfistel.