Nach der Strahlenschutzverordnung darf die Behandlung in Deutschland nur in speziell dafür eingerichteten Klinik- oder Krankenhausstationen erfolgen. Der stationäre Aufenthalt dauert in der Regel zwei bis sechs Tage. Die Patientinnen und Patienten befinden sich in dieser Zeit in Quarantäne, weil sie in ihren Ausscheidungen und ihrer Atemluft noch mindestens 48 Stunden nach Einnahme der Kapsel Radioaktivität abgeben.

Welche Strahlendosis in der Schilddrüse und ihren einzelnen Arealen wirksam ist, wird regelmäßig während des stationären Aufenthaltes gemessen. So kann - wenn nötig - das Ausmaß der Zerstörung über die verabreichte Strahlendosis variiert werden.

Der gewünschte Wirkungseintritt kann mehrere Monate auf sich warten lassen. Wegen der- wenn auch geringen – Radioaktivität verbietet sich der Einsatz von radioaktivem Jod bei Schwangeren und Kindern. Nach einer Radiojodtherapie sollte auch für mindestens sechs Monate keine Schwangerschaft eintreten.