Deutschlandweit und insbesondere in den neuen Bundesländern bestand nach der Wende eine erhebliche Unterversorgung der Bevölkerung im Bereich der Behandlung von Herz- und Kreislauferkrankungen. Um diese Unterversorgung – speziell im Raum Sachsen – zu beseitigen, wurde am 24. Februar 1992 ein gemeinnütziger Verein, das Herz- und Kreislaufzentrum e. V., als privater Träger des geplanten Herzzentrums gegründet.
Am 08. Juli 1994 erfolgte der erste Spatenstich zur Errichtung eines zweigeschossigen Gebäudes in Containerbauweise mit 60 Betten, zwei Operationssälen und zwei Linksherzkatheter-Messplätzen (erste Bauphase). Am 10. Januar 1995 ging das Herzzentrum in diesem kleinen Gebäude mit der Behandlung des ersten Patienten in Betrieb. Gleichzeitig begann die Projektierung eines mehrstöckigen Baus für das Herzzentrum Dresden (zweite Bauphase). Am 27.09.1997 wurde nach nur 22 Monaten Bauzeit das neue Klinikgebäude auf der Fetscherstraße (neben dem Gelände des Universitätsklinikums Carl Gustav Carus) mit 160 Betten eingeweiht.
Im September 2001 ging die Trägerschaft vom Verein Herz- und Kreislaufzentrum Dresden e.V. auf die Herzzentrum Dresden GmbH Universitätsklinik über. Auf der Suche nach einem leistungsstarken und seriösen Partner wurde man im Dezember 2001 fündig. Im Januar 2002 übernahm die heutige Sana Kliniken AG 100% der Geschäftsanteile.
Die Leistungen und das Engagement des Herzzentrums Dresden für universitäre Belange sowie die nationalen und internationalen Aktivitäten im Bereich der Forschung würdigte die TU Dresden im Jahr 2006 mit der Verleihung des Titels „An der Technischen Universität Dresden“. Durch die Verzahnung von universitärer Leistung in Forschung und Lehre und von optimaler Aus- und Weiterbildung mit der medizinischen Versorgung partizipieren unsere Patienten unmittelbar vom rasanten wissenschaftlichen Fortschritt.
Seit Mai 2009 steht unseren Patienten mit dem 3-Tesla-MRT einer der stärksten Magnet-Resonanztomografen Sachsens für die schonende Diagnostik von Herzinfarkten, Herzmuskelentzündungen und Herzklappendefekten zur Verfügung.
Anfang 2011 erfolgten die ersten Eingriffe im neu gebauten Hybrid-OP. In ihm arbeiten Kardiologen, Herzchirurgen und Anästhesisten interdisziplinär zusammen. Der Eingriffsraum eignet sich besonders für minimal-invasive innovative Methoden, wie z. B. die Herzklappentherapie über die Leiste oder die Herzspitze.
Der Freistaat Sachsen bewilligte dem Herzzentrum Dresden in Anerkennung der medizinischen Leistungen zu den bestehenden 160 Betten weitere 30 Planbetten. Zur Realisierung dieser zusätzlichen Kapazitäten wurde im Jahr 2011 ein moderner Anbau errichtet und Anfang 2012 in Betrieb genommen.
Im Februar 2013 wurde innerhalb der Klinik für Innere Medizin und Kardiologie eine spezielle Abteilung für Invasive Elektrophysiologie etabliert. Hier können Herzrhythmusstörungen jeder Art mit Hilfe modernster Technik diagnostiziert und therapiert werden.
Heute bietet das Herzzentrum Dresden Universitätsklinik an der Technischen Universität Dresden seinen Patienten das gesamte Spektrum kardiologischer und herzchirurgischer Maximalversorgung inklusive Herztransplantationen für Erwachsene einschließlich Hybrid-OPs an.